El parque tiene una extensión de 120.000 ha, desde la línea de marea más alta hasta el beril de los 50 metros de profundidad, comprende la plataforma submarina y los arrecifes de coral al occidente de la Isla de Barú, los arrecifes de los archipiélagos de Nuestra Señora del Rosario y de San Bernardo y la plataforma submarina entre estos dos archipiélagos, además de las islas de Tesoro, Rosario, Múcura y Maravilla.

Este área fue declarado Parque Nacional Natural debido a la necesidad de conservar y proteger los arrecifes de coral y los ecosistemas asociados, como los pastos marinos y los manglares, y las numerosas especies de algas y animales que en ellos habitan.